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【求助】请朋友们帮我看看检测完的cif文件！
朋友们！我是个新手，瞎弄出个晶体，花钱测并解了之后我检测了一下，就是这下面的。不知道能不能发文章啊？发不了白花钱了，还得被批。请高手们指点迷津。谢谢了！
checkCIF/PLATON report
No syntax errors found.& && && && && && && && && && & CIF dictionary
Please wait while processing ....& && && && && && && &Interpreting this report
Datablock: a
________________________________________
Bond precision:& & & & C-C = 0.0021 A& & & & Wavelength=0.71073
Cell:& & & & a=12.9322(10)& & & & b=5.0832(4)& & & & c=14.7609(11)
& & & & alpha=90& & & & beta=99.323(1)& & & & gamma=90
Temperature: & & & & 296 K& & & & & & & &
& & & & Calculated& & & & Reported
Volume& & & & 957.52(13) & & & & 957.52(13)
Space group& & & & P 21/c & & & & P2(1)/c
Hall group& & & & -P 2ybc & & & & ?
Moiety formula& & & & C12 H8 N2 O2 & & & & ?
Sum formula& & & & C12 H8 N2 O2 & & & & C12 H8 N2 O2
Mr& & & & 212.20& & & & 212.20
Dx,g cm-3& & & & 1.472& & & & 1.472
Z& & & & 4& & & & 4
Mu (mm-1)& & & & 0.103& & & & 0.103
F000& & & & 440.0& & & & 440.0
F000'& & & & 440.20 & & & &
h,k,lmax& & & & 15,6,17& & & & 15,6,17
Nref& & & & 1777 & & & & 1774
Tmin,Tmax& & & & 0.976,0.992& & & & 0.959,0.992
Tmin'& & & & 0.959& & & &
Correction method= MULTI-SCAN& & & &
Data completeness= 0.998& & & & Theta(max)= 25.500
R(reflections)= 0.)& & & & wR2(reflections)= 0.)
S = 1.030& & & & Npar= 145
The following ALERTS were generated. Each ALERT has the format
& && & test-name_ALERT_alert-type_alert-level.
Click on the hyperlinks for more details of the test.
________________________________________
Alert level G
PLAT335_ALERT_2_G Check Large C6 Ring& & C-C Range C7& &&&-C12& && && &&&0.16 Ang.
________________________________________
& &0 ALERT level A = Most likely a serious problem - resolve or explain
& &0 ALERT level B = A potentially serious problem, consider carefully
& &0 ALERT level C = Check. Ensure it is not caused by an omission or oversight
& &1 ALERT level G = General information/check it is not something unexpected
& &0 ALERT type 1 CIF construction/syntax error, inconsistent or missing data
& &1 ALERT type 2 Indicator that the structure model may be wrong or deficient
& &0 ALERT type 3 Indicator that the structure quality may be low
& &0 ALERT type 4 Improvement, methodology, query or suggestion
& &0 ALERT type 5 Informative message, check
________________________________________
________________________________________
Publication of your CIF in IUCr journals
A basic structural check has been run on your CIF. These basic checks will be run on all CIFs submitted for publication in IUCr journals (Acta Crystallographica, Journal of Applied Crystallography, Journal of Synchrotron Radiation); however, if you intend to submit to Acta Crystallographica Section C or E, you should make sure that full publication checks are run on the final version of your CIF prior to submission.
Publication of your CIF in other journals
Please refer to the Notes for Authors of the relevant journal for any special instructions relating to CIF submission.
________________________________________
PLATON version of 16/02/2011; check.def file version of 16/02/2011
Datablock a - ellipsoid plot
这个数据看起来很不错啊，你要是确定是新的结构，应该可以发的 Originally posted by cluster8676 at
这个数据看起来很不错啊，你要是确定是新的结构，应该可以发的 首先很高兴您的回复。有人说我这个分子结构有错误。不知道能不能改？ 大的结构错误可能会在check时有提示，但是小的结构错误靠check是无法确认的，你只有看看的数据，温度因子、键长键角等，利用晶体学，化学知识来判定。 晶体数据没问题，关键是化学结构是否合理。如果是新化合物，建议增加其它表征手段。 Originally posted by qianbh at
晶体数据没问题，关键是化学结构是否合理。如果是新化合物，建议增加其它表征手段。 我请问，这个图片的结构是不是错了。氮原子怎么是双键了氧原子的也不对。
根据晶体结构，化学结构为
请检查相关的键长数据是否与结构一致。如C＝N、C＝C、C＝O是否合理。不当请指正。 Originally posted by qianbh at
根据晶体结构，化学结构为
请检查相关的键长数据是否与结构一致。如C＝N、C＝C、C＝O是否合理。不当请指正。 好的，谢谢你！&& 查看话题
【建模基础】ZIF-8结构，CCDC的602542cif文件修改【MS基本操作】
可能会有其他人需要ZIF-8的结构做计算，所以单独开个帖子出来
主要使用功能：
select symmetry image选择对称结构，快速选择原子
ball and stick 和 color两种标记方法，便于区分
所用资料【可在附件下载】
CCDC网站拿的602542的cif文件——ZIF-8晶胞中388个原子
《ZIF-8材料中CH4/H2吸附与扩散的分子模拟》——ZIF-8晶胞中276个原子
————————————————————————
CCDC的原版ZIF-8在MS里会显示游离O原子、C上6个H原子等不合理情况【MS自动成键功能】，可能是原cif里可能存在多余的地方
1、删除游离O原子，这个很简单
这个我不太清楚是哪里带来了，离网络结构很远
2、ctrl选中带很多H的C原子及其邻位C原子，右键select symmetry image【选择当前对称性下其他对称的C-C】，右键display style，用ball and stick标记
3、删除带很多H的C原子上的H原子【可以像2中先选择一个C上的6个H原子，然后select symmetry image，delete】
4、build——symmetry——make P1，为接下来的添加双键做准备，不取消对称性的话，双键操作会导致其他对称位加双键，然而ZIF-8的杂环结构是不对称的
5、我的理解，ZIF-8中是有这样4个“盖子”一样的网组成，待会儿画杂环的双键时也是这样一个个“盖子”加，可以避免遗漏的情况发生【标记的比较粗略，自己大概能分清楚就好】
6、杂环加双键，文献里，之前ball and stick标记的一个C原子需要补加双键，其对位也单键需要改双键，一个“盖子”有6个杂环【这里B双键很好定位，但是A双键我不太清楚，换个方向看A双键又在右边了，如果有人知道怎样才是正确的话麻烦说下，我对ZIF-8不怎么了解】
7、杂环双键补加完之后，就是自动加H了，这个简单
非常感谢楼主！！ 学习了 建模好多不清楚 感谢 你好，不知道怎么回事，为什么我打开的cif文件里面总原子数是400呢？经过上述过程修正之后，总原子数是288.相比你的结构上面，初始结构与修正之后的结构中，都多出来12个原子。(打开附件1里面的结构也是400个原子):tuzi25::tuzi25::tuzi25: : Originally posted by 敏sunflower at
你好，不知道怎么回事，为什么我打开的cif文件里面总原子数是400呢？经过上述过程修正之后，总原子数是288.相比你的结构上面，初始结构与修正之后的结构中，都多出来12个原子。(打开附件1里面的结构也是400个原子): ... 附件1的cif是CCDC的原版cif
你把你修改后的文件发上来 我看看哪里没改好
我猜你可能有的双键没加全，4个“盖子”，每个盖子有6个杂环 : Originally posted by pigrass at
附件1的cif是CCDC的原版cif
你把你修改后的文件发上来 我看看哪里没改好
我猜你可能有的双键没加全，4个“盖子”，每个盖子有6个杂环... 大侠你好！附件里就是我修改的结构！麻烦你了:tuzi25::tuzi25::tuzi25: : Originally posted by 敏sunflower at
大侠你好！附件里就是我修改的结构！麻烦你了:tuzi25::tuzi25::tuzi25:... 你的双键画错了
你注意这张图里的双键怎么画的
杂环之间是相互间隔的，一个杂环是2个双键
你比对下我标记的你的图的几个地方和我的图有什么不一样的
甲基咪唑的杂环
: Originally posted by pigrass at
你的双键画错了
你注意这张图里的双键怎么画的
杂环之间是相互间隔的，一个杂环是2个双键
你比对下我标记的你的图的几个地方和我的图有什么不一样的
甲基咪唑的杂环
http://image.keyan.cc/dat ... 大侠，你好!我修改后的结构跟你的是一样的，但是输出为cif格式之后就成了附件里你看到的那种结构，我也不清楚是怎么回事！
还有一个问题就是，对于修改后的结构，通过properties---filter：symmetry system显示，就会出现附件1中的276个原子。但是若鼠标右键单击---display style，对话框下面会显示Editing：288 atoms（附件2），这是怎么回事呐？我通常都是通过后面这种方法查看体系中的总原子数的，难道是这种方法不可靠吗？
:tuzi25::tuzi25::tuzi25:
2.PNG : Originally posted by 敏sunflower at
大侠，你好!我修改后的结构跟你的是一样的，但是输出为cif格式之后就成了附件里你看到的那种结构，我也不清楚是怎么回事！
还有一个问题就是，对于修改后的结构，通过properties---filter：symmetry system显示， ... 修改后不要输出cif，cif是没有成键信息的
重新导入输出的cif的话MS会自动计算化学键，自己会乱画键
现在想想都用MS交流的话还是直接发xsd好
display style确实会显示288。
以properties explorer显示为准，properties里显示的是晶胞内有效原子数；
display style的288与lattice display style有关，你选择incell/original/default有不同结果
刚才我又拿家里电脑打开你的ZIF-8b看了下，properties里显示276，是正常的，你之前改的应该是对的，不知道你当时说的多出12个原子是不是display style看的 : Originally posted by pigrass at
修改后不要输出cif，cif是没有成键信息的
重新导入输出的cif的话MS会自动计算化学键，自己会乱画键
现在想想都用MS交流的话还是直接发xsd好
display style确实会显示288。
以properties explorer显示为准， ... 当时我说的多出12个原子就是通过display style看的！非常非常感谢您的耐心帮助！ : Originally posted by 敏sunflower at
当时我说的多出12个原子就是通过display style看的！非常非常感谢您的耐心帮助！... 不客气 : Originally posted by pigrass at
不客气... 楼主你好，我下载了你的附件，但是为什么打开后跟你的zif-8结构不一样？好像少了很多键和原子，我非专业人士，只是小白，下载这个东西纯粹是想得到ZIF-8的xrd模拟数据，想和自己的实验的结构用origin进行对比，不知道楼主能否帮个忙，万分感激，急于毕业，跪求啦！ : Originally posted by 爱死琪琪 at
楼主你好，我下载了你的附件，但是为什么打开后跟你的zif-8结构不一样？好像少了很多键和原子，我非专业人士，只是小白，下载这个东西纯粹是想得到ZIF-8的xrd模拟数据，想和自己的实验的结构用origin进行对比，不知 ... 我的附件只是原始的cif，带水分子的，需要根据帖子的说明做些处理求韩剧 《密会》下载资源 主演金喜爱 刘亚仁，不要大文件的，最好是每集少于350M，RMVB格式的文件就行~_百度知道
求韩剧 《密会》下载资源 主演金喜爱 刘亚仁，不要大文件的，最好是每集少于350M，RMVB格式的文件就行~
！！！！！！！！！！！！谢谢！
我有更好的答案
/hanjuxiazai/73552
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Diamond软件处理CIF文件如何只生成一个分子结构图
没有用过diamond软件，向各位高手请教。
将CIF文件导入Diamond后，生成的结构图中含2个分子，如何只显示一个分子呢？谢谢！
我是想知道导入后只显示一个单胞，如何显示多个单胞？ 显示了2个晶包，我只想显示一个
怎么处理？谢谢！ 将多余的选中delete，剩下你想要的就可以了。少了可以点grow 可能你的晶体存在栾晶，好好在refine一下，说不定能发个号文章 点击工具栏红色叉号（destory All），全部消除了，再点击蓝色六边形（get moleculars directly） 工具栏上点一下Stereo按钮&&就是像人人符号一样 Delete All 后再修复不管用
直接删除太麻烦了，一不小心就把要的给删了，眼睛都看花了
非常感谢各位的帮助:victory: 那个stereo按钮是哪个？没找到呢:cry: 谢谢，找到stereo按钮了
最终还是一点点删除解决的。
谢谢大家！ : Originally posted by rf771122 at
将多余的选中delete，剩下你想要的就可以了。少了可以点grow 你好，我在那些工具栏中好像没看到grow，是不是grow就是那个小太阳哈，谢谢~~ picture ——representation settings ——projection——stereo——enabled 的勾勾取消掉。&&:victory: 先随意选中一个原子，然后点选择分子，在反选，点删除就好了&& 查看话题
求助：p2-type NaxMO2 (P63/mmc)的cif
求助：p2-type NaxMO2 (P63/mmc)的cif，我这里有它的晶体结构图，但是不知道怎么转换成cif。
}YA24`~T.jpg
NaxCoO2的cif文件，注意里面Na是不完全占据的
/share/link?shareid=&uk= 嗯哪，收到了，不胜感激啊 : Originally posted by zbdfwq5777 at
NaxCoO2的cif文件，注意里面Na是不完全占据的
/share/link?shareid=&uk= 收到了，非常感谢啊，顺便问一下，像上边这种晶体结构图用什么软件可以画？再次表示感谢。。。 : Originally posted by
收到了，非常感谢啊，顺便问一下，像上边这种晶体结构图用什么软件可以画？再次表示感谢。。。... 很多软件都能画，如Diamond，CrystalMaker，MaterStudio，等等 : Originally posted by zbdfwq5777 at
很多软件都能画，如Diamond，CrystalMaker，MaterStudio，等等... 你好啊，不知道你这个cif文件还有吗？百度云盘打开后找不到了}