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启动文件夹会被删除吗？只要装绿色软件基本上不会出现乱占位现象！
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DNAstar软件共有七个小程序（见下图），各自执行不同的功能，Editseq用于序列编辑，Seqman可以去除载体序列和拼接序列，MegAlign则主要执行序列比对的功能．
&开启MegAlign软件首先需要点击File---New&新建一个工作文件
再点击File---Entersequeces&添加需要比对的序列，支持多种格式的文件（....fas等），点Ａdd可添加多个文件，点Done导入选中的文件．
这是文件导入后的界面
点Align选择序列比对的算法，其中多序列比对有三种算法：The&Jotun&Hein&method，ClustalＶ和Clustal&Ｗ；一般选择Clustal&Ｗ即可。三种算法的差异如下：
“The&Jotun&Hein&method&was&devised&to&align&sequences&that&are&previously&known&to&be&related&by&descent.&The&ClustalV&and&ClustalW&alignment&methods&do&not&make&this&assumption.
ClustalW&is&an&advancement&over&ClustalV,&and&was&designed&to&create&more&accurate&alignments&for&highly&diverged&sequences”。
“CLUSTALW
是一种渐进的多序列比对方法，先将多个序列两两比对构建距离矩阵，反应序列之间两两关系；然后根据距离矩阵计算产生系统进化指导树，&对关系密切的序列进行加权；然后从最紧密的两条序列开始，逐步引入临近的序列并不断重新构建比对，直到所有序列都被加入为止”。
红色区域表示的是相似性最高的区域，蓝色和绿色是同源性较低的区域；
多序列比对的一个缺点就是不会自动对序列反向互补后再比对，所以反向互补后同源性高的序列检测不出来。如下图中的20.p0和20.p6其实是同一模板的两个方向的测序结果，像这种需要用到两两比对（Ｏne&pair)。
Ｏne&Pair也有好几种算法，任选一种都可，有兴趣的可以自己查找一下差别；
Ｏne&Pair比对时需要先选中将要比对的两个序列
这是比对后的默认结果，不太容易分辨，
在序列上点右键，选择Ａlinment&coloor设置显示参数，一般全选即可，这样可得到很直观的结果，最上面一栏显示相似性的一些信息。
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