1. samtools将sam文件转成bam并且排序，为下游汾析做准备

2. string是什么意思tie对每个样本进行转录本组装

3. string是什么意思tie 将所有样本的转录本进行合并 注意：此处的mergelist.txt是自己创建的

4. 计算表达量并且为Ballgown包提供输入文件

5. Ballgown的安装 分析需提供一个分组信息；

。。。明天整理更新！！！

注：*.bam 格式的文件为二进制文件；

注： mergelist.txt 文件包含所有*.gtf 攵件名的列表， 并且每个文件名占据一行

师兄推荐这篇文章按照里面的命令，先做一套转录组分析

我是借鉴的简书上的一篇博文，谢谢这个博主啦！

文章背景： 见文章 

转录组分析 背景知识： 

       从原始RNA-Seq数据着掱，质控——建立索引文件——比对、拼接、排序——初组装——合并——计算表达量并输出为baoogown格式——进行差异分析——作图，这里輸出结果包括基因list、转录本及每个样本的表达量，能表现差异表达基因的表格 并完成显著性计算

        3. 使用线性模型进行差异表达分析，由於FPKM对于转录本解读过于曲解所以这里需要使用log转化处理数据，随后再使用线性模型进行差异分析 

#这是一个循环语句，文件12个一个一個来就很累了，但是我也没有理解这个循环语句照葫芦画瓢而已，改一下路径

四、 检测转录本与参考注释的比较

评估表达量并为ballgown包提供输入文件

genefilter（用于快速计算均值和方差）

dplyr（用于分类和排列结果）

devtools（用于再现性和安装包）

#查看某一基因位置上所有转录本
# plotTranscripts函数可以根据指定基因的id画出在特定区段的转录本

#以性别为区分，查看表达情况

# 这里以id=575的基因为例（对应上一步作图）

还有一个图没有做成功慢慢去找原因吧，ganbade